Mit dem Übergang zur frühen Neuzeit veränderten sich die gesellschaftlichen Rahmenbedingungen grundlegend. Der große Sakralbau verlor in vielen Regionen Europas an Bedeutung, religiöse und politische Umbrüche führten zum Niedergang der klassischen Bauhütten. Auf den britischen Inseln hingegen blieb das überlieferte Brauchtum erhalten und begann, sich in neuer Form weiterzuentwickeln.
Bereits gegen Ende des 16. Jahrhunderts lassen sich dort schriftliche Regelwerke nachweisen, die nicht mehr ausschließlich handwerkliche Fragen behandelten, sondern auch sittliche Anforderungen und Verhaltensregeln formulierten. Damit vollzog sich ein schrittweiser Wandel von der rein handwerklichen, sogenannten operativen Freimaurerei hin zu einer stärker geistig und ethisch ausgerichteten Form, der sogenannten spekulativen Freimaurerei.
Im Verlauf des 17. Jahrhunderts wurden zunehmend auch Personen aufgenommen, die nicht mehr dem Bauhandwerk angehörten. Diese sogenannten accepted masons – angenommene Maurer – waren Gelehrte, Adlige, Künstler oder Staatsbedienstete. Mit ihnen verlagerte sich der Schwerpunkt der Gemeinschaft entscheidend.
Die praktische Arbeit am Stein trat in den Hintergrund, während das Bauhandwerk selbst zur Symbolsprache wurde. Der äußere Bau wurde nun als Sinnbild für den inneren Bau des Menschen verstanden. Der Mensch erschien als „rauer Stein“, der durch bewusste Arbeit an sich selbst Form, Maß und Harmonie gewinnen kann. Immer öfter fanden christliche, philosophische und weltliche Aspekte Einzug.
Werkzeuge wie Winkelmaß, Lot oder Zirkel verloren ihre ausschließlich handwerkliche Funktion und wurden zu Symbolen für Aufrichtigkeit, Maßhalten, geistige Ordnung und Selbstprüfung. Diese symbolische Arbeitsweise bildet bis heute einen Kern freimaurerischer Praxis.
In dieser Phase entwickelte sich die Freimaurerei zu einer Initiationsgemeinschaft im eigentlichen Sinne. Rituale, Symbole und gemeinschaftliche Arbeit dienen nicht der Geheimhaltung von Inhalten, sondern der persönlichen Erfahrung und der ethischen Orientierung. Die Verschwiegenheit, zu der sich Freimaurer verpflichten, schützt diesen inneren Erfahrungsraum und ermöglicht einen offenen, vertrauensvollen Austausch über grundlegende Fragen des Menschseins und der Verantwortung.
Im 18. Jahrhundert fand diese Entwicklung ihren organisatorischen Ausdruck. Im Jahr 1717 schlossen sich in London mehrere Logen zu einer ersten Großloge zusammen. Wenige Jahre später wurden grundlegende Regeln formuliert, die das Selbstverständnis der Freimaurerei als ethisch ausgerichtete Gemeinschaft festigten.
In der geistigen Atmosphäre der Aufklärung boten die Logen einen Raum für freies Denken, religiöse Toleranz und den respektvollen Austausch unterschiedlicher Überzeugungen. Die Freimaurerei verstand sich dabei nicht als religiöse oder politische Bewegung, sondern als Bund freier Menschen, die an der eigenen Vervollkommnung arbeiten und daraus Verantwortung für ihr Handeln in der Gesellschaft ableiten. Zu den bekannten Persönlichkeiten, die der Freimaurerei angehörten oder ihr nahestanden, zählen unter anderem Johann Wolfgang von Goethe, Wolfgang Amadeus Mozart und George Washington.
Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten 1933 begann die Verfolgung der Freimaurerei in Deutschland. Einige Brüder wurden wegen ihrer Mitgliedschaften ins Gefängnis oder Konzentrationslager eingesperrt. Ab 1935 wurde die Freimaurerei durch die Nationalsozialisten vollständig verboten. Der Besitz der Logen zerstreute sich. Ihre Logenhäuser wurden beschlagnahmt, das Mobiliar verkauft und die wertvollen Bibliotheken abtransportiert. Das alte Logenhaus in Hannover wurde zu einem der sog. „Antifreimaurer Museen“ umgewidmet, wo die Bevölkerung die Legende von der „Weltverschwörung der Freimaurer“ hautnah erleben sollte. Trotz des Verfolgungsdrucks versuchten einige Freimaurer weiterhin, Kontakt zu halten und sich zu treffen. Viele Logenhäuser und Besitztümer gingen im Krieg durch Zerstörung oder Kunstraub verloren.
Durch die Zwangsenteignung der Freimaurerlogen durch die nationalsozialistische Regierung 1935 ging ebenfalls das alte Ordenshaus in Berlin verloren. Während des Zweiten Weltkriegs wurde es durch Bombentreffer und Plünderungen schwer beschädigt. Bereits im Dezember 1945 wurde der Keller des Hauses wieder für Treffen genutzt, aber das Haus konnte nicht wieder aufgebaut werden, so dass das Grundstück 1965 verkauft wurde. Das heutige, seit 1965 genutzte Ordenshaus befindet sich in der Peter-Lenné-Str. 1–3 in Berlin-Dahlem.
In Westdeutschland gab es erste Reaktivierungen ab 1945. Die Meisten Logen schlossen sich der Großloge der Alten freien und Angenommenen Maurer von Deutschland an. Die beiden verbleibenden preußischen Großlogen „Zu den drei Weltkugeln“ sowie die „Große Landesloge der Freimaurer von Deutschland“, nahmen ihre Arbeit nach dem Krieg ebenfalls wieder auf. Nach dem Krieg blieb die Freimaurerei in Ostdeutschland durch die SED-Diktatur weiterhin verboten. Erst nach der Wende wurden hier alte Logen wieder reaktiviert. Heute haben sich alle Großlogen durch ihren Dachverband, die Vereinigen Großlogen von Deutschland, miteinander verbunden. Sie zählen knapp 16.000 Mitglieder.